进行知网查重查两次的主要原因在于确保论文或文献的原创性和学术性。第一次查重可以初步筛查出可能存在的抄袭或重复内容，而第二次查重则可以更加深入地检测文本相似度，避免错过任何潜在的问题。此外，知网查重查两次还可以提高查重结果的准确性和可信度，为学术研究提供更加可靠的依据。

另外，进行知网查重查两次也可以帮助作者及时发现和修改论文中存在的问题，避免在提交审核或发表后被指责为抄袭或剽窃。通过两次查重，作者可以更加全面地审查自己的论文，提高学术水平和研究质量。因此，无论是为了保护自己的学术声誉还是确保学术成果的独立性，进行知网查重查两次都是非常必要和重要的。