论文多次修改对知网查重费用的影响主要表现在两个方面：一是频繁修改论文会增加知网查重的次数和费用。每次修改后都需要重新提交查重，如果修改次数过多，查重费用将会不断累积。二是如果论文相似度较高，说明修改不够充分，这可能导致知网查重费用上涨。因为相似度高的论文更容易被查重系统检测出来，系统会认为需要更多资源去核实，从而增加费用。

在撰写论文时，建议尽量在初稿阶段就做好修改，避免多次修改带来的额外费用。此外，可以利用一些查重软件提前自查，减少被查重系统检测到相似度过高的情况。另外，也要注意保留修改过程中的每个版本，以备查重时的证据。最终目的是在保证学术诚信的前提下，尽量减少知网查重费用的支出。